接续前作“哥吉拉X机械哥吉拉”的故事，一年前与哥吉拉（哥斯拉）的决战，机龙（机械哥吉拉Mechagodzilla）受伤程度37%，失去了右腕及终极武器-绝对零度炮。　　维修组员中条义人在八王子...

　　1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。　...

　　哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。...